Questa soluzione, atta a comporre il dissidio senza danno delle parti, ignota all’antichità e così poco compresa anche ai nostri giorni, esasperò la parte teologica, della quale si fece interprete il domenicano Tommaso Caccini, pronunziando nella quarta domenica dell’Avvento 1614 dal pergamo di Santa Maria Novella la famosa invettiva: Viri Galilaei, quid statis adspicientes in coelum? e conchiudendo che la matematica era un’arte diabolica, e che i matematici, come autori di tutte le eresie, avrebbero dovuto essere banditi da tutti gli stati.

Quasi nello stesso tempo un altro frate domenicano, Nicolò Lorini, antigalileiano già dichiarato, fattosi delatore, denunziava al Sant’Uffizio la lettera di Galileo al Castelli, come quella che conteneva proposizioni sospette e difendeva opinioni contrarie all’interpretazione che i Santi Padri avevano data alla Sacra Scrittura: e dalla dottrina passando alla persona, faceva colpa a Galileo delle amichevoli relazioni con l’odiato Fra Paolo Sarpi e perfino della corrispondenza scientifica con eretici di Germania.

Il Sant’Ufficio iniziava subito la procedura, e, riuscite vane le pratiche per procurarsi l’originale della lettera incriminata, veniva trasmessa la copia avuta dal Lorini ad un Consultore, il quale, esaminatala, ebbe a dichiarare che, quantunque in essa si avvertissero frasi e parole improprie, tuttavia non era da dirsi che l’autore avesse deviato da un linguaggio cattolico.

Senonchè essendosi nel frattempo recato a Roma il P. Caccini e comparso davanti al Sant’Uffizio, uscì in gravi accuse contro Galileo, e quantunque queste non fossero confermate dai testimoni da lui addotti, ebbero per conseguenza di provocare un esame delle Lettere sulle macchie solari, nelle quali, benchè non si riscontrasse verbo che alludesse all’interpretazione delle Sacre Scritture, si trovarono tuttavia le basi per formulare contro Galileo l’accusa di professare dottrine eterodosse tanto in filosofia quanto in teologia.

È singolare invero, e può spiegarsi soltanto col geloso segreto del quale il Sant’Uffizio circondava tutti i suoi atti, che in Roma nulla trapelasse della avviata procedura, cosicchè i più fidi amici di Galileo andavano a gara per rassicurarlo, giungendo perfino a dare per certo che la dottrina del Copernico non sarebbe stata condannata. A ciò erano essi indotti da comunicazioni che andavano ricevendo da altissimi personaggi, e non è affatto fuori di luogo l’ammettere che questi fossero bensì benevoli a Galileo, ma vedessero di mal occhio la dottrina della quale erasi fatto sostenitore: intendevano proteggere la persona di lui, e di ciò si presero la massima cura anche quando la situazione divenne più pericolosa, ma stimavano che il sistema da lui difeso, dovesse, come dannoso alla fede, venire ad ogni costo condannato; e che perciò sia sembrato opportuno nascondere a Galileo che la dottrina copernicana fosse minacciata finchè il Sant’Uffizio ne avesse pronunciata la proibizione. Cosicchè in piena buona fede si affaticavano gli amici del nostro filosofo a dimostrargli che erano del tutto infondati i timori che egli andava loro manifestando: fra questi anche il Dini lo veniva sollecitando a compiere la scrittura, la quale sotto forma di lettera a Madama Cristina non fu subito pubblicata per le stampe, ma certamente corse fin d’allora manoscritta, mentre intorno allo stesso tempo vedeva la luce la lettera del carmelitano Paolo Antonio Foscarini che si proponeva di difendere la dottrina copernicana, salvando tutti i luoghi della Scrittura stimati con essa in opposizione.

Convien credere che Galileo confidasse di poter, con i nuovi argomenti ch’egli s’era affaticato di mettere insieme, persuadere la parte teologica; e poichè, non ostante le ripetute assicurazioni che non si sentiva "neppure un minimo motivo contro di lui", ben comprendeva tutta la gravità della questione che si stava agitando, tanto rispetto alla sua persona, quanto per ciò che concerneva i lavori i quali andava volgendo nella mente, deliberò, seguendo anche il consiglio di qualche amico, di recarsi egli stesso a Roma per isventare le trame che si ordivano contro il sistema del quale s’era fatto aperto propugnatore.

Munito di valide commendatizie del Granduca, partiva Galileo per Roma tra la fine del novembre ed il principio del dicembre 1615, ed appena arrivato dovette convincersi che i suoi timori non erano infondati; e mentre egli si lusingava di riuscire in breve a trionfare dei suoi nemici, poco appresso dovette riconoscere che l’opera della sua giustificazione non procedeva così liscia come se l’era immaginato: chè anzi la bisogna gli si affacciava irta di difficoltà.

Le corrispondenze del tempo ci dipingono in questa congiuntura Galileo affaccendato, più che nel difendere la incriminata opinione, a convincere altrui della aggiustatezza di essa. È datato dal Giardino de’ Medici sotto l’8 gennaio 1616 il Discorso del flusso e reflusso del mare al cardinale Alessandro Orsini; del 20 febbraio è la lettera al Duca Muti sulle montuosità della luna e sulla impossibilità che siano in essa corpi organici come in terra, ed oltre a questi, numerosi e di grande momento per la storia della vertenza sono gli scritti ch’egli compose in tale occasione, palesandosi schiettamente copernicano e rilevando come il canonico di Thorn avesse tenuta la mobilità della terra intorno al sole, non come ipotesi, ma come indubitabile verità.

Di fronte a questo agitarsi di Galileo ed al continuo guadagnare nuovi proseliti ch’egli andava facendo, l’Inquisizione affrettò segretamente la sua procedura; e mentre egli si aspettava d’esser chiamato a difendere altri e si illudeva nella credenza che il tremendo Tribunale volesse essere da lui illuminato, e preparavasi a sfoderare i suoi migliori argomenti, si agiva proprio contro di lui come principale accusato così pericoloso da doverglisi perfino negare il diritto di difesa.

Nel breve volgere d’una settimana il processo è esaurito. Addì 19 febbraio infatti è data comunicazione a ciascun teologo del Sant’Uffizio della proposizione da censurarsi; il 23 successivo si tiene congregazione per qualificarla, ed all’indomani undici teologi rispondono unanimi: 1) essere stolta ed assurda in filosofia e formalmente eretica la proposizione che il sole sia nel centro del mondo e per conseguenza immobile di moto locale; 2) essere passibile della stessa censura in filosofia, ed almeno erroneo nella fede, avuto riguardo alla verità teologica, la proposizione che la terra non è centro del mondo ed immobile, ma si muove secondo sè tutta, etiam di moto diurno.

Tre giorni dopo, d’ordine del Pontefice, Galileo è chiamato dal cardinale Bellarmino, e quivi alla presenza del Commissario del Sant’Uffizio e di testimoni, gli viene ingiunto che lasci del tutto la condannata opinione, e che in maniera alcuna più non la tenga, insegni e difenda, nè in iscritto nè a voce, altrimenti si sarebbe proceduto contro di lui nel Sant’Uffizio.

Galileo promise di ubbidire.

Pochi giorni appresso usciva il decreto della Congregazione dell’Indice che proibiva fino a correzione i libri del Copernico e di Diego da Zuniga, ed in modo assoluto quello del padre Paolo Antonio Foscarini.

Appena seguita l’ammonizione, l’ambasciatore toscano Guicciardini mandava al Granduca un rapporto ostilissimo a Galileo, insinuando come esso stesso doveva chiamarsi in colpa dell’accaduto, e facendo vedere i pericoli che ne sarebbero derivati, se il cardinale Carlo de’ Medici, del quale si aspettava la venuta a Roma, si fosse lasciato compromettere per favorire l’ammonito filosofo.

Galileo, il quale di queste informazioni a lui tanto avverse aveva avuto sentore, non volle sotto l’impressione di esse tornarsene a Firenze, ed incoraggiato dalla benevola accoglienza fattagli dal Papa in una speciale udienza, ottenne di poter prorogare il suo soggiorno in Roma. Ma il Guicciardini continuava ad insistere perchè fosse richiamato, finchè, avendo fatto balenare lo spauracchio di un qualche stravagante precipizio, nel quale avrebbe finito per cadere, ottenne ch’egli fosse formalmente invitato a far ritorno a Firenze. Siccome però in Toscana ed a Venezia era corsa voce che il Sant’Uffizio avesse costretto Galileo ad abiurare, e per di più lo avesse punito con varie penitenze, questi, prima di partire, pregò il cardinale Bellarmino che si compiacesse di rilasciargli una dichiarazione dalla quale risultasse come le cose erano realmente seguite. Esaudita tale domanda, addì 4 giugno Galileo riprese la via di Firenze.